Mutacje somatyczne STAT3 w dużej ziarnistej białaczce limfatycznej AD 2

Na poziomie wewnątrzkomórkowym, badania ekspresji genów sugerują rozregulowanie szlaków apoptotycznych (np. Ligandu FAS-FAS i szlaków sfingolipidowych) i aktywację szlaków sygnałowych przeżycia (np. Szlaków RAS i fosfatydyloinozytolu 3-kinazy [PI3K] -AKT) .10-14 Masowo równoległa technologia sekwencjonowania drugiej generacji została z powodzeniem zastosowana w celu wykrycia genetycznego tła niektórych złośliwych zaburzeń hematologicznych, takich jak ostra białaczka szpikowa, 1516 białaczek włochatych, 17 zespół mielodysplastyczny, 18 i przewlekła białaczka limfatyczna.19 defekty genetyczne w dużej ziarnistej białaczce limfatycznej nie zostały wyjaśnione. W nadziei na oświecenie molekularnej patogenezy tego zaburzenia i dostarczając wgląd w nieprawidłową regulację aktywacji komórek T w powiązaniu z towarzyszącymi zaburzeniami autoimmunologicznymi, przeprowadziliśmy sekwencjonowanie całego RNA i sekwencje RNA białaczkowych CTL i dopasowane zdrowe komórki kontrolne uzyskane od pacjenta. z dużą ziarnistą białaczką limfatyczną w celu identyfikacji somatycznych zmian genetycznych.
Metody
Badaj pacjentów
Populacja badana składała się z 77 pacjentów z dużą ziarnistą białaczką limfatyczną. Wszyscy pacjenci mieli duże granulowane limfocyty CD3 + CD8 + we krwi obwodowej od ponad 6 miesięcy, a w momencie rozpoznania klonalność limfocytów T została potwierdzona testem łańcuchowej reakcji PCR (PCR) na limfocyty T rearanżacja receptorów. (Główne cechy pacjentów podsumowano w tabelach S1 i S2 w Dodatku uzupełniającym, dostępnych wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie.)
Analizy całego ciała i RNA oraz analizy bioinformatyczne
Platformę komercyjną (Agilent) użyto do przygotowania bibliotek próbek genomowego DNA z komórek białaczkowych (CD8 +) i komórek nieleukemicznych (CD4 +) uzyskanych od pacjenta wskaźnikowego (Pacjent w Tabeli S1 w Suplemencie Dodatkowym), a następnie w roztworze wychwytywanie exome. Masowe równoległe sekwencjonowanie przeprowadzono przy użyciu Genome Analyzer II (Illumina). Mutacje somatyczne kandydatów zidentyfikowano zgodnie z protokołem bioinformatycznym (ryc. S1 w dodatkowym dodatku). Odczyty z sekwencjonowania RNA zostały wyrównane i przeanalizowane w celu wykrycia genów fuzyjnych. Ekspresję genu oceniano wizualnie z dopasowań odczytu sekwencji RNA z użyciem Integrative Genomics Viewer (Broad). (Sekwencjonowanie całego egzema, bioinformatyka i inne metody są szczegółowo opisane w dodatkowym dodatku).
Walidacja Mutacji Somatycznych Kandydatów i Przesiew STAT3
Po sekwencjonowaniu egzogennym mutacje kandydujące zostały sprawdzone za pomocą sekwencjonowania Sangera. Do przeszukiwania mutacji STAT3, zaprojektowano pięć par primerów, aby pokryć sześć eksonów kodujących domenę 2 homologiczną Src (SH2) STAT3 (eksonów 19 do 24)
[przypisy: usg olsztyn, leczenie ambulatoryjne, dentysta warszawa mokotów ]

Powiązane tematy z artykułem: dentysta warszawa mokotów leczenie ambulatoryjne usg olsztyn